アレル別コピー数解析アルゴリズムGenome Imbalance Mapを発表

CRESTプロジェクトの成果として石川、油谷らがアレル別コピー数解析アルゴリズムGenome Imbalance Mapを開発し、発表しました。
染色体の構造異常は、がん細胞のみならず正常ヒトゲノムに広汎に存在することが明らかになりつつあることから、 本アルゴリズムによりコピー数多型(Copy Number Polymorphism)の全貌、しかも疾病との関連が次第に明らかになることが期待されます。
元来SNPタイピング用に開発されたアレイを用いて、染色体コピー数をゲノムワイドかつ同時にアレル別に測定することにより、 LOH(ヘテロ接合性の消失)のみならず、UPD(Uniparental Disomy)などのように全体のコピー数の減少はないのに片方の染色体が失われているような現象も検出できるようになりました。

参考文献
Ishikawa S, Komura D, Tsuji S, Nishimura K, Yamamoto S, Panda B, Huang J, Fukayama M, Jones KW, Aburatani H.
Allelic dosage analysis with genotyping microarrays.
Biochem Biophys Res Commun. 333(4):1309-1314, 2005
PubMed
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油谷浩幸、石川俊平、西村邦裕
高密度ゲノムアレイを用いたMolecular Karyotyping
バイオテクノロジージャーナル 1: 77-79, 2005

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